Уфимский федеральный исследовательский центр Российской академии наук (далее – УФИЦ РАН или Центр) организован постановлением Совета Министров СССР от 12.05.1951 г. как Башкирский филиал Академии наук (БФАН) СССР. В 1988 г. преобразован в Башкирский научный центр Уральского отделения АН СССР, в 1993 г. – в Уфимский научный центр РАН, в 2018 г. – в УФИЦ РАН.
В УФИЦ РАН работают 1540 чел., из них 821 чел. – научный персонал, 719 чел. – инженерно-технический персонал. В их числе 1 академик РАН, 5 членов-корреспондентов РАН, 6 академиков АН РБ, 8 членов корреспондентов АН РБ, 173 доктора наук (средний возраст – 59,7 лет), 461 кандидат наук (средний возраст – 43,2 лет), 93 профессора, 128 доцентов, 153 аспиранта.
В УФИЦ РАН работает 6 специализированных советов по защитам докторских и кандидатских диссертаций.
В УФИЦ РАН сформировались общепризнанные научные школы академиков А.М. Ильина, Ю.Б. Монакова, Р.И. Нигматулина, Г.А. Толстикова, М.С. Юнусова, членов – корр. РАН Х.Н. Гизатуллина, У.М. Джемилева, М.А. Ильгамова, В.П. Казакова, Р.Г. Кузеева, А.Ф. Леонтьева, Р.Р. Мавлютова, В. В. Напалкова, В.Н. Пучкова, С.Р. Рафикова, профессоров В.А. Вахитова, Б.Г. Ильясова, О.А. Кайбышева, М.А. Камалетдинова, Ю.З. Кулагина, Сопко П.Ф., Н.В. Старовой, Ф.Х. Хазиева, Э.К. Хуснутдиновой, З.Г. Ураксина, А.И. Мелентьева и др.
За годы деятельности Центра его учеными получены выдающиеся научные результаты и сделан целый ряд научных открытий в области математики, химии, механики и материаловедении, биологии, археологии, геологии.
За выдающие фундаментальные научные результаты ряду ученых Центра присуждены престижные государственные награды: Государственные премии СССР и Российской Федерации члену-корр. РАН А.Ф. Леонтьеву (1988г.), академику Г.А. Толстикову и члену-корр. РАН У.М. Джемилеву (1990г.), докторам наук Ф.А. Валееву, Н.С. Вострикову, А. Г. Толстикову М.С. Мифтахову, Ю.И., Муринову, Лазаревой (1992г.), члену-корр. РАН У.М. Джемилеву (2005г.), Премия правительства РФ О.Н. Логинову (2014г.), Демидовская премия академику Г.А. Толстикову (1995г), Государственные премии Республики Башкортостан членам корр. РАН Р.Г. Кузееву, М.А. Ильгамову, докторам наук Ф.Х. Хазиеву, А.Х. Мукатанову и другие премии.
Первым председателем Президиума БФАН СССР был назначен крупный ученый-геолог профессор Вахрушев Георгий Васильевич (1951-1956гг.), В 1956 г. Председателем Президиума БФАН СССР становится известный ученый химик профессор Оболенцев Роман Дмитриевич (1956-1964гг.), позже его сменил на этом посту видный ученый-химик и организатор науки академик Каз. ССР Рафиков Сагид Рауфович (1967-1984 гг.). В 1984 г. председателем Президиума БФАН СССР становится выдающийся ученый химик и организатор науки академик Толстиков Генрих Александрович (1984-1993 гг.). В 1993 г. председателем УНЦ РАН становится выдающийся ученый-механик академик Нигматулин Роберт Искандрович (1993-2006 гг.). С 2006 г. по 2011 г. председателем УНЦ РАН был выдающийся ученый-химик академик Юнусов Марат Сабирович. В 2011 г. председателем УНЦ РАН избран выдающийся ученый-химик член корреспондент РАН Усеин Меметович Джемилев. В 2016 г. временно исполняющим обязанности председателя УНЦ РАН был назначен доктор физико-математических наук, профессор Алексей Николаевич Лачинов (2016-2017 гг.). В 2017 году на должность временно исполняющего обязанности председателя УНЦ РАН приказом ФАНО России был назначен доктор биологических наук Зиннур Хайдарович Шигапов. После завершения процесса реорганизации Уфимского научного центра РАН в Уфимский федеральный исследовательский центр РАН в 2018 г. временно исполняющим обязанности председателя УФИЦ РАН до проведения выборов назначен доктор биологических наук Зиннур Хайдарович Шигапов. С апреля 2018 г. временно исполняющим обязанности председателя Уфимского федерального исследовательского центра РАН назначен доктор экономических наук, доцент Рустем Ринатович Ахунов. С июля 2019 г. временно исполняющим обязанности председателя Уфимского федерального исследовательского центра РАН назначен доктор химических наук, профессор Ахат Газизьянович Мустафин. С июля 2021 г. по 7 апреля 2022 г. председателем Уфимского федерального исследовательского центра РАН назначен доктор химических наук, профессор Вадим Петрович Захаров. С 14 апреля 2022 г. и.о. руководителя Уфимского федерального исследовательского центра РАН назначен доктор биологических наук Мартыненко Василий Борисович.
Приказом министра науки и высшего образования Российской Федерации Фалькова Валерия Николаевича от 17 мая 2023 г. № 10-2/112 п-о Василий Борисович Мартыненко назначен руководителем Уфимского федерального исследовательского центра РАН.
В 2014 г. в результате реформы Российской академии наук УНЦ РАН и его институты был передан в ведение Федерального агентства научных организаций (далее – ФАНО России). В соответствии с планом ФАНО России была начата реорганизация учреждений, переданных из ведения РАН в ФАНО России. На основании приказа ФАНО России «О реорганизации УНЦ РАН» от 26.07.2017 года № 456 принято решение о создании Уфимского федерального исследовательского центра РАН путем присоединения 14 учреждений ФАНО России, расположенных в Республике Башкортостан, путем присоединения к Федеральному государственному бюджетному учреждению Уфимскому научному центру Российской академии наук. Присоединенные учреждения получили статус обособленных структурных подразделений УФИЦ РАН. УФИЦ РАН создан 19 января 2018 г. УФИЦ РАН объединил следующие учреждения: УНЦ РАН, Институт математики с вычислительным центром УНЦ РАН, Институт физики молекул и кристаллов УНЦ РАН, Институт механики им. Р.Р. Мавлютова УНЦ РАН, Уфимский Институт химии РАН, Институт нефтехимии и катализа РАН, Институт биохимии и генетики УНЦ РАН, Уфимский Институт биологии РАН, Ботанический сад-институт УНЦ РАН, Башкирский НИИСХ, Институт геологии УНЦ РАН, Институт социально-экономических исследований УНЦ РАН, Институт истории, языка и литературы УНЦ РАН, Институт этнологических исследований им. Р.Г. Кузеева УНЦ РАН, Поликлинику УНЦ РАН.
В соответствии с приказом Министерства науки и высшего образования Российской Федерации №759 от 17.08.2021 г. “О реорганизации Федерального бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук и федерального государственного бюджетного учреждения “Опытная станция “Уфимская” в состав УФИЦ РАН в июне 2022 вошло новое обособленное структурное подразделение Опытная станция “Уфимская”.