- интродукция и акклиматизация новых видов, форм и сортов растений ценных и перспективных в ботаническом и экономическом отношении;
- изучение и сохранение биоразнообразия флоры и растительности Южного Урала и других регионов;
- охрана и рациональное использование растительных ресурсов; мониторинг состояния растительных сообществ, процессов синантропизации и внедрения инвазивных видов в природные и агроэкосистемы;
- создание новых сортов декоративных растений, выявление перспективных форм растений для селекции и введения в культуру;
- разработка биотехнологий размножения в культуре in vitro ценных в биологическом и хозяйственном отношении растений;
- разработка зонального ассортимента хозяйственно-ценных растений и технологий озеленения и ландшафтного дизайна; генетическая структура популяций Евразии;
- молекулярно-генетическая основа моногенных, многофакторных заболеваний и комплексных признаков человека;
- молекулярная природа вариабельности продолжительности жизни на модельных объектах и в популяциях человека;
- механизмы взаимодействия нервной и иммунной систем в норме и при патологии;
- исследование биологических свойств химических веществ и механизмов их воздействия на функционирование биологических систем с целью разработки новых фармакотерапевтических средств;
- геномные и постгеномные исследовательские платформы для энтомологии и пчеловодства;
- молекулярная биология, физиология и биохимия растений, взаимодействие растений с другими организмами;
- интегральные механизмы сигнальной регуляции устойчивости растений к стрессовым факторам биотической и абиотической природы;
- механизмы симбиотрофного, ассоциативного и антагонистического взаимодействия растений с фитомикробиомом как основа для создания новых полифункциональных биопрепаратов;
- биотехнология и генетическая инженерия растений и ризосферных микроорганизмов с целью создания новых линий с хозяйственно¬полезными свойствами, разработка технологий получения рекомбинантных белков и растительных метаболитов в культуре in vitro;
- молекулярные механизмы реализации биологического потенциала растении и микроорганизмов;
- развитие высокопроизводительных методов анализа геномов, транскриптомов, протеомов и метаболомов;
- структура и функция низкомолекулярных биорегуляторов, дизайн и синтез новых биологически активных препаратов;
- хроматин, регуляция работы гена и генома в целом; биохимия и физиология микроорганизмов и грибов, использование их в биотехнологии;
- биохимия и физиология растений, механизмы роста, адаптации и взаимодействия с другими организмами, фотобиотехнология;
- механизмы морфогенеза, сравнительная и функциональная морфология;
- механизмы и закономерности индивидуального развития организмов;
- организация и биосферные функции природных экосистем – лесных, морских, пресноводных и других, динамика и механизмы устойчивости сообществ;
- проблемы экологии, популяционной биологии и адаптации организмов к среде обитания;
- инвазии чужеродных видов, проблемы интродукции, паразитарные системы, биологические средства защиты растений и животных;
- физико-химические и биологические процессы почвообразования, пространственно-временная организация почв;
- воздействие факторов внешней среды на биологические системы, радиобиология;
- систематика и таксономия организмов, флористика, фаунистика и биогеография;
- оценка состояния и проблемы сохранения биоразнообразия, мониторинг;
- научные основы рационального использования и воспроизводства биологических ресурсов;
- математические модели в биологии, биоинформатика; теория функций комплексного переменного; асимптотические методы в теории дифференциальных уравнений; нелинейные задачи математической физики; методы и алгоритмы вычислительной математики;
- изучение эволюции человека, обществ и цивилизаций, исследование древних и средневековых культур Башкортостана, изучение и сохранение археологического и культурного наследия на территории Башкортостана и Урало-Поволжского региона;
- исследование власти, общества и личности в истории Башкортостана и Урало-Поволжского региона;
- историко-этнографическое изучение башкир и других этносов и этнических групп;
- башкирская литература в российском и мировом литературном контексте, изучение закономерностей развития башкирской литературы, комплексные исследования мифологии и фольклора башкир, других этносов и этнических групп;
- изучение башкирского языка, его диалектов, составление словарей; исследование языковой ситуации и языковой политики в Башкортостане;
- создание электронных корпусов башкирского языка; народы Урало-Поволжья: этническая история, своеобразие культуры, этапы межэтнических взаимодействий крупных этносов и малочисленных этнических групп, этнокультурные процессы, традиционная культура в контексте системы жизнеобеспечения этносов и сохранения этнокультурного разнообразия, социокультурные факторы воспроизводства этничности в новых исторических реалиях: способы, проблемы, перспективы;
- междисциплинарное исследование археологических памятников Южного Урала в системе отношений «человек-обгцество-природная среда», внутренние и внешние факторы культурогенеза населения Южного Урала, современные технологии и методы естественных наук в изучении и документировании археологических коллекций музея археологии и этнографии, разработка эффективных инструментов мониторинга и управления культурным наследием территорий, формирование прогнозных оценок особенностей распространения объектов археологического наследия, экспертиза строительных проектов с точки зрения обеспечения сохранности археологических объектов;
- религии, религиозные верования и национальное духовное пространство в контексте духовной безопасности; изучение социокультурной среды функционирования религиозных институтов и конфессиональной традиции, анализ соотношения этнической, религиозной, региональной и российской идентичности, деятельности религиозных объединений в условиях мировоззренческого плюрализма, государственно-конфессиональных отношений в современной России;
- мониторинг проявлений экстремизма на этнической и религиозной почве в условиях культурного многообразия и конфессиональных процессов в Урало-Поволжье, процессов глобализации;
- проблемы развития этнической, региональной и общероссийской гражданской идентичностей в республиках Урало-Поволжья, модели модернизации национально-государственного устройства России;
- особенности этносоциальных и этнокультурных процессов в республиках Урало-Поволжья;
- влияние социально-экономических процессов на межэтнические отношения;
- векторы и качественный состав миграционных потоков на территории Урало-Поволжья;
- изучение и сохранение историко-культурного наследия Урало- Поволжья;
- механика жидкости, газа и плазмы, неидеальных и многофазных сред; механика горения, детонации и взрыва;
- современные проблемы акустики, в том числе фундаментальные основы акустических методов диагностики;
- нелинейная волновая механика, как фундаментальная основа волновых технологий;
- нелинейные колебания и волны в многофазных и многокомпонентных средах;
- механика твердого тела, механика деформирования и разрушения, механика наноматериалов;
- динамика и устойчивость конструкций, взаимодействующих с жидкостью и газом;
- общая теория управления сложными техническими и другими динамическими системами;
- физико-технические и экологические проблемы энергетики и тепломассообмен;
- фундаментальные основы, методы и модели предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера, снижения техногенных и технологических рисков для объектов гражданского и оборонного назначения;
- механика природных процессов, в том числе разработка газовых гидратов;
- методы оптимизации и интеллектуализации систем и процессов управления, адаптивное управление;
- стратиграфия и палеонтология Урала и восточной окраины Русской платформы;
- геодинамика, магматизм, метаморфизм, геофизика и палеомагнетизм складчатых сооружений и платформ на примере Урала и сопредельных территорий;
- образование и закономерности размещения месторождений рудных и нерудных полезных ископаемых и углеводородного сырья на примере Урала и сопредельных территорий;
- изотопная геохимия осадочных, магматических и рудоносных комплексов;
- геоэкология и гидрогеология Урала и восточной части Волго- Уральского артезианского бассейна;
- техногенные минеральные полезные ископаемые Южного Урала;
- стратегическое управление социально-экономическим развитием территорий, территориальная социально-экономическая политика;
- пространственные экономические трансформации, интеграция территорий в глобальные политические, экономические и социальные процессы, формирование сетевых структур в экономическом пространстве России;
- устойчивое развитие территориальных систем, мониторинг безопасного и сбалансированного развития территорий;
- макроэкономическое моделирование и прогнозирование развития разноуровневых территориальных систем, экономико-математические методы и информационные технологии в управлении территориальными социально-экономическими системами;
- управление региональными финансами, модели экономического федерализма и их современные модификации как инструмент обеспечения национальной безопасности, методы и механизмы реализации эффективной бюджетной и налоговой политики;
- социально-экономические и общественно-политические процессы в полиэтничных территориях Российской Федерации, качество жизни социальных и этнических групп, научные основы этноэкономики и ее региональные приложения;
- национальная безопасность, конкурентоспособность и инновационное развитие разноуровневых социально-экономических систем;
- актуальные проблемы физики конденсированных сред: неравновесные структурные превращения в средах с пространственно- временной дисперсией, в частности в жидких кристаллах, полимерах, магнетиках;
- физические свойства органических полупроводников, антиферромагнетиков, ферритов, мультиферроиков, магнитных и других наноматериалов, в том числе в условиях воздействия внешних полей;
- актуальные проблемы химической физики, физики низкотемпературной плазмы и оптики: процессы образования и распада многоатомных отрицательных, положительных ионов и нейтральных частиц в электронно-молекулярных, межмолекулярных взаимодействиях и под воздействием электромагнитного излучения; исследование электронного строения молекул биологически активных соединений, биополимеров и фуллеренов на основе комплекса теоретических и экспериментальных методов, включая масс-спектрометрию отрицательных ионов и микроволновую спектроскопию сверхвысокого разрешения;
- терпеноиды, алкалоиды, липиды: выделение, структура, синтез, трансформации, биологическая активность, зависимость «структура- активность»;
- направленный синтез низкомолекулярных биорегуляторов; развитие новых методов синтеза гетероциклических систем; каталитический синтез и модификация синтетических и биогенных полимеров; создание композиционных материалов; синтез фото- и электролюминесцентных полиарилендифталидов (в том числе стереорегулярных, жидкокристаллических и оптически активных) – полиариленов нового класса для органической электроники;
- кинетика и механизм окислительных процессов с участием молекулярного кислорода, соединений, содержащих активный кислород, и других окислителей;
- химия возбужденных состояний азотсодержащих соединений, полимеров, комплексов f- и d- элементов при фото- и химическом воздействии в реакциях пероксидов и соединений благородных газов;
- комплексообразование гомо- и гетерофункциональных соединений с металлами и фармаконами;
- электрохимическая энергетика – научные основы создания электрохимических аккумуляторов с высокими удельными энергетическими и ресурсными характеристиками; термоэлектрохимия процессов в литий-серных и литий-ионных аккумуляторах;
- научное приборостроение – разработка новых приборов и оборудования для физико-химических исследований;
- экологические проблемы – утилизация вредных промышленных отходов; создание новых высокоэффективных реагентов для нефтегазового комплекса с учетом требований экологии;
- металлокомплексный и гетерогенный катализ в органическом, металлоорганическом синтезе и нефтехимии как основа для разработки новых веществ, материалов, конкурентоспособных и ресурсосберегающих химических технологий, кинетика, механизм, стереохимия и математическое моделирование;
- наноразмерные элементосиликаты в катализе, химии, нефтехимии и нефтепереработке, лантанидные катализаторы и люминесцентные реакции, в том числе инициированные излучениями высокой энергии, в химии фуллеренов, нанотрубок, насыщенных углеводородов и азотгетероциклов;
- химия металлоорганических соединений непереходных металлов, углеродных кластеров (фуллеренов), каркасных и напряженных молекул;
- многокомпонентные и сопряженные реакции с участием комплексных катализаторов и малых молекул для селективной функционализации органических соединений и в синтезе циклических, ациклических и макроциклических гетероатомных молекул;
- химия природных экдистероидов, токоферолов, тритерпенов, полиуглеводов и синтетических гибридных молекул;
- создание и внедрение в производство высокопродуктивных сортов зерновых, зернобобовых, крупяных, плодово-ягодных культур, трав и картофеля, отвечающих требованиям интенсивного земледелия;
- возделывание новых сортов сельскохозяйственных растений, разработка системы их семеноводства;
- разработка и совершенствование систем земледелия;
- разработка эффективных технологий производства продукции растениеводства и животноводства, птицеводства, рыболовства и пчеловодства;
- разработка научно-обоснованных систем экономического ведения агропромышленного производства;
- разработка системы кормопроизводства и технологий приготовления кормов для сельскохозяйственных животных;
- внедрение достижений сельскохозяйственной науки и передового опыта в практику предприятий агропромышленного комплекса;
- проведение исследований в области фундаментальной медицины; проведение биомедицинских исследований с использованием геномных и постгеномных технологий;
- проведение междисциплинарных исследований в области изучения факторов, влияющих на физическое, психическое и эмоциональное здоровье человека;
- разработка и внедрение в медицинскую практику современных технологий профилактики, диагностики и лечения;
- разработка концепции персонализированного подхода профилактики, диагностики и терапии многофакторных заболеваний с использованием особенностей генотипа;
- сохранение, поддержание и формирование коллекционного генофонда растений в целях сохранения растительного мира и его разнообразия;
- создание специализированных биоресурсных коллекций растений.