В ИМех сформированы научные школы под руководством академика РАН Р.И. Нигматулина, академика АН РБ В.Ш. Шагапова по механике многофазных систем; под руководством член-корреспондента М.А. Ильгамова по механике твердого тела, механике деформирования и разрушения, механике наноматериалов; д.ф.-м.н. С.Ф. Урманчеева по гидродинамике термовязких систем.
В Институте математики с ВЦ сформированы 3 научные школы: академика РАН А.М. Ильина (1932-2013) по асимптотическим методам в уравнениях математической физики под руководством Д.И. Борисова, члена-корреспондента АН СССР А.Ф. Леонтьева (1917-1987) и члена-корреспондента РАН В.В. Напалкова (1941-2020) по теории аппроксимации и комплексному анализу под руководством И.Х. Мусина, А.Б. Шабата (1937-2020) по интегрируемым системам под руководством И.Т. Хабибуллина.
В ИНК УФИЦ РАН функционирует общепризнанная научная школа Российской Федерации по металлокомплексному катализу в химии металлоорганических соединений непереходных металлов, богатых энергией углеводородов, углеводородных кластеров, уникальных гетеро- и карбомакроциклов, синтетических и природных непредельных кислот (научный руководитель школы – чл.-корр. РАН, д.х.н., профессор У.М. Джемилев).
В ИСЭИ УФИЦ РАН сформированы и функционируют 4 научные школы, в том числе 2 – более 25 лет:
– проблем регионального воспроизводства д.э.н. М.И. Такумбетова. В рамках школы подготовлено 9 докторов и более 20 кандидатов наук;
– оптимизация регионального воспроизводства чл.-корр. РАН Х.Н. Гизатуллина. Подготовлено: 15 докторов и более 60 кандидатов наук.
В БНИИСХ сформированы научные школы под руководством доктора с.-х. наук, профессора Н.Г. Фенченко (по зоотехнии), доктора с.-х. наук, доцента Ф.А. Давлетова (по селекции зернобобовых культур).
В ИИЯЛ действуют научные школы под руководством член-корр. АН РБ, доктора филологических наук, проф. Хисамитдиновой Ф.Г. (тюркология), доктора исторических наук Сулеймановой Р.Н. (история России, история Башкортостана).
В ЮУБСИ сформированы научные школы под руководством доктора биол. наук, профессора Л.М. Абрамовой (Инвазионная ботаника и антропогенная растительность).
В УИБ возникли, живут и развиваются известные научные школы, среди которых в первую очередь следует отметить школу почвоведов д.с.-х.н. С.Н. Тайчинова, д.с.-х.н. М.Н. Бурангуловой, чл.-корр. АН РБ д.б.н. Ф.Х. Хазиева, школу фитоценологов чл.-корр. АН РБ, д.б.н. Б.М. Миркина, школу физиологов растений д.б.н. В.К. Трапезникова и д.б.н. Г.Р. Кудояровой. Динамично развиваются школа микробиологов д.б.н. А.И. Мелентьева и школа экологов-лесоведов д.б.н. Ю.З. Кулагина, руководимая в настоящее время его сыном д.б.н. А.Ю. Кулагиным. Набирают силу такие направления теоретических и экспериментальных исследований, как математическая и молекулярная генетика (д.б.н. Р.Н. Чураев), эмбриология и биотехнология растений (д.б.н. Н.Н. Круглова), экология растительных ресурсов (д.б.н. Н.И. Федоров), генетика микроорганизмов (д.б.н. Т.В. Маркушева).
В ИЭИ УФИЦ РАН продолжаются и развиваются подходы и принципы научной этнологической школы, созданной основателем Института чл.-корр. РАН Р.Г. Кузеевым, опирающаяся на выделении Волго-Уральской историко-этнографической области; комплексном подходе к этносу в его истории, современном состоянии и его проявлениях во всех сферах общественной жизни, перспективах развития и в системе взаимосвязей и взаимовлияний с другими этносами; рассмотрением этнологических проблем в широком контексте исторического развития Евразии и Российского государств. Также в работе Института реализуются идеи и методология историко-этнополитической научной школы, сформированной проф. Б.Х. Юлдашбаевым, ориентированной на рассмотрение исторических событий, политических процессов и исторических личностей в контексте конкретных этнических и социально-культурных тенденций развития, в их часто внутренне противоречивой целостности и на максимально широкой базе исторических документов.
Институт проводит фундаментальные исследования этничности в жизни человека и общества во всём комплексе её проявлений и влияний на социально-культурное развитие. Предметом изучения являются преимущественно этнические процессы на Южном Урале в прошлом и в современности, в контексте Российского государства в целом и всего лесостепного пространства Евразии.